ذكرت عديد التسريبات من حركة مشروع تونس أن الحزب يعيش منذ فترة على وقع الانقاسمات وتباين المواقف الى درجة تهديد العديد من القيادات من الانشقاق عنه احتجاجا على ما وصفه البعض ب "دكتاتورية " محسن مرزوق وتفرده بالصلاحيات  .
ووفق موقع " العربي الجديد " فإن الخلافات بدأت إثر قرار دمج كتلته النيابية وتغيير تسميتها إلى "الكتلة الحرة لمشروع تونس" وإضافة اسم الحزب إلى تسمية الكتلة، بعد أن كان قد أعلن سابقاً الحزب استقلالية قرارها، باعتبار أنها تضم في صفوفها أعضاء من خارجه.
ويشهد حزب "مشروع تونس" خلال هذه الفترة، أولى خلافاته المعلنة، نتيجة قرار دمج الكتلة بالحزب، بعدما حظي القرار بموافقة الأغلبية خلال اجتماع عقد بصفاقس جنوب شرق البلاد، بنتيجة 19 صوتاً من أصل 25.
ووصلت ردود فعل المعارضين للقرار، إلى حد التلويح بالاستقالة والتهديد بالتصعيد، في ظل صمت تام للأعضاء في الكتلة من غير المنتمين لحزب "مشروع تونس".
ووفق موقع العربي الجديد فإن الرافضين للقرار يبرّرون رفضهم بأنّ الكتلة التي بنت الحزب وأسسته، ولها الفضل في وجوده كمشروع سياسي جديد على أساس ديمقراطي إثر انشقاق نوابها عن "نداء تونس"، ستتحوّل إلى أداة من أدوات الحزب، تُستعمل لتنفيذ قرارات الأمين العام محسن مرزوق، لا سيما بعد شكوى قيادات من استئثاره بالصلاحيات داخل الحزب.
وعبّرت بعض القيادات عن رفضها لقرار دمج الكتلة مع الحزب بالامتناع عن التصويت، وأخرى عبر توجيه رسالة تتضمن أسباب الرفض، فيما اختار القياديان وليد جلاد ومصطفى بن أحمد، التصعيد بإخراج الخلاف إلى العلن، والتلويح بالاستقالة أثناء الاجتماع.
وأوضح النائب عن كتلة "الحرة" مصطفى بن أحمد لـ"العربي الجديد"، أنّ "قرار تغيير تسمية الكتلة، ترافق مع خلافات حول بناء الحزب، من بينها وجود تيارين أحدهما ينادي بالقرار الجماعي وضمان التعدد، وتيار أقوى منه يعمل على إسناد الصلاحيات على مقاس نفوذ الزعيم الأوحد الذي استأثر بها".
وفي الوقت عينه، اعتبر بن أحمد، أنّ الأمر "لا يرقى إلى الانفجار داخل الحزب بل هو خلاف ضروري في فترة التأسيس"، مشيراً إلى أنّ الاعتراض على دمج الكتلة، وتغيير تسميتها كان نابعاً من أنّ المسألة لا تعد ذات أولوية. ونفى نيته الاستقالة، معتبراً أنّ "المعركة لا تزال في بدايتها".