يعيش  المستشفى الجامعي بقابس ظروفا صعبة للغاية  حيث يعمل قسم الجراحة بقاعة واحدة من جملة 6 قاعات   لا تتوفر فيها المواصفات المطلوبة مما تسبب في تعطيل عمل الأطباء الذين أصبحوا مجبرين على إجراء العمليات الجراحية للحالات المستعجلة فقط دون غيرها.  وانعكس  ذلك سلبا على الخدمات المسداة للمواطنين   حسب ما جاء على موقع إذاعة " شمس " استنادا إلى ما ذكره  مصدر مسؤول بالمستشفى لوكالة تونس إفريقيا للأنباء.

 وفي نفس الإطار  تشكو وحدة القسطرة القلبية بقسم القلب   من نقص فادح في مستلزمات العمل  مما تسبب في عدم الاستجابة لعدد كبير من الحالات التي تتطلب هذا التدخل الطبي.

و يشكو المستشفى من نقص ملحوظ  في  طب الاختصاص وأساسا  اختصاص الأشعة بما تسبب لهذه المؤسسة   في إشكاليات عديدة وجعلها محل انتقاد كبير من قبل المواطنين.

وانتقد ذات المصدر تواصل تعطّل أشغال مشروع تقوية أسس وإصلاح هياكل ومباني المستشفى الجامعي بقابس التي انطلقت في بداية سنة 2013 .  وقد   أصبح المستشفى بسبب ذلك  يعمل   بنصف طاقة استيعابه  خاصة بعد غلق    8 قاعات بكل طابق من طوابقه الستة منذ ما يزيد عن السنتين  إلى جانب غلق عياداته الخارجية بغاية إصلاحها.

وتؤمّن إدارة هذا المستشفى العيادات الخارجية   في بناية على وجه الكراء تقع بمكان بعيد نسبيا عن هذا المستشفى   وذلك  يكبّد المرضى مصاريف إضافية ويثقل كاهل هذه المؤسسة الاستشفائية بمعلوم كراء يبلغ سنويا 114 ألف دينار.