جدل كبير رافق استقالة سليم خلبوس من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ثم تحوله لكندا لتولي منصب هام وجديد .

واستغلت بعض الأطراف السياسية رحيل خلبوس عن الوزارة لترويج أخبار زائفة وتحاليل غير صحيحة عنه ، دون مراعاة كفاءته العلمية والأكاديمية وما قدّمه لتونس خلال فترة اشرافه على وزارة التعليم العالي والبحث العلمي .
وتعليقا على خبر الإستقالة ، كتب الإعلامي والمحلل السياسي ابراهيم الوسلاتي التدوينة التالية معتبرا أنه من غير المعقول نشر الأكاذيب وتشويه الوزير السابق  .

وقال الوسلاتي : "لم التقي سليم خلبوس الوزير السابق للتعليم العالي ولا تربطني به أية علاقة وقد سبق وأن انتقدت ادارته لشؤون الوزارة ولكن ما تتناقله بعض المواقع حول استقالته بدعوى أنّه تحصّل على عقد عمل مغري في الكندا وحملات التشويه ضده وصلت الى حدّ تخوينه يعتبر شيء مقرف الى جانب انّه مناف للحقيقة.

أوّلا: سليم خلبوس رشحته تونس لمنصب المدير التنفيذي للوكالة الجامعية للفرنكوفونية ومقرها في مدينة مونريال بالكندا وقد تمّ انتخابه من طرف مجلس ادارتها لمدة 4 سنوات قابلة للتجديد، وتسلّ مهامخ على رأس الوكالة يوم 8 ديسمبر الجاري وبالتالي فقد كان عليه الاستقالة من الوزارة ليتفرّغ لمهامه الجديدة.
ثانيا: انتخاب المرشح التونسي يأتي بعد نكسات متتالية لمرشحين اخرين لمناصب اقليمية او دولية واخرها منصب المدير العام للمنظمة العربية للتربية والثقافة العلم (ألكسو) التي يوجد مقرّها بتونس.
ثالثا: تونس تستعد لاحتضان قمة الفرنكوفونية في ديسمبر 2020 بمناسبة مرور 50 سنة على احداث المنظمة التي كان الرئيس الحبيب بورقيبة من بين ثلاثة رؤساء أفارقه الذين دعوا الى تأسيسيها وهما الرئيس السينغالي ليوبلد سيدار سنغور ورئيس النيجر حماني ديوري.
رابعا: تونس تبقى دائما بحاجة الى تواجد كفاءاتنا على رأس منظمات إقليمية وأممية تساهم في اشعاعها الذي فقدته خلال السنوات الأخيرة وهي التي ترأست في السابق عدة منظمات وتواجدت في هياكلها.
خامسا: دعوة الى الجميع الى الكف عن تبخيس كفاءاتنا وتناقل الأخبار المغلوطة وتلفيق التهم جزافا ببعضنا البعض"

من جهته خرج سليم خلبوس عن صمته ، حيث أكد أن انتخابه عميدا جديدا للوكالة الجامعية الفرنكوفونية هو مفخرة لتونس واعتراف بالكفاءات والجامعة التونسيّة.

وقال على موجات إذاعة إكسبراس أف أم أنّ الوكالة الفرنكوفونية هي وكالة عريقة تأسّست منذ 60 عاما،  مهمّتها تطوير الجامعات في العالم، وهي أكبر شبكة جامعيا وتضمّ تقريبا ألف جامعي عضوا، وتمتدّ على 116 بلدا، وأشار إلى أنّ العميد هو المدير العام التنفيذي للوكالة.

وأضاف إلى أنّه سيباشر أعماله  بعد تغيير الحكومة، و سيواصل  مهامه في صلب وزارة التعليم العالي إلى حين إنتهاء مهمّته فيها.